Горные хребты, плоскогорья и плато, лежащие выше 2000-2400 м охватывает высокогорная (альпийская) зона. Ее образуют субальпийские и альпийские луга, тундры и болота.

Субальпийские луга с буйным разнотравьем представляют внушительную картину. Трава настолько высока, что можно потеряться. Особенно же хороши огромные кусты Марьина корня с крупными пурпурно-розовыми цветками. Кстати, это растение — одно из самых популярных народных целебных средств Сибири, и широко применялось и применяется в настоящее время при самых разнообразных заболеваниях. Вообще Алтай — настоящая аптечка. Только растений, используемых в фармацевтической промышленности, здесь насчитывается около 100 видов. А в народной медицине этот перечень гораздо шире.

Необычайное по красоте зрелище представляют альпийские луга, которые образуют необыкновенно красочные ковры, расцвеченные соцветиями водосборов, купальницы, ветреницы, копеечника, горечавок, незабудок, на более сухих склонах украшенные еще и маками, мытниками, володушками и массой других растений.

Животный мир высокогорной зоны не отличается богатством, однако здесь можно встретить довольно редких животных: снежного барса (ирбиса), сибирского горного козла, горного барана — архара и других. На кручах скалистых утесов и по горным лугам гнездятся альпийская галка, горный конек, вьюрки; сибирский, гималайский и жемчужный хрустан или глупая сивка, краснобрюхая горихвостка. На всех высокогорьях обычен крупный хищник — беркут. Здесь же обитает горная индейка — улар. Часто эта птица встречается почти у самой границы снега.

Выше лугов альпийского пояса начинается пояс горных тундр, где травы сменяются мхами и лишайниками. Здесь либо господствуют зеленые мхи, заболоченные участки, густые заросли из низкорослых полярных березок и ив; либо это каменные россыпи, покрытые лишайниками, и обилие куропаточьей травы.

Для горной тундры характерны северный олень, заходящий сюда летом, куропатка и степной житель — сурок.

И, наконец, добравшись до наиболее высоких гребней гор, вы попадаете в совсем иной мир каменных россыпей, глубоких каров и цирков, острых пиков вершин; в мир, где рождаются горные потоки, где царят холод, снег и лед. Растения здесь полностью отсутствуют. На полях снега иногда наблюдаются скопления водорослей из снежной сфереллы, образующие красноватые пятна на снегу. Господствуют здесь также зеленые, сине-зеленые водоросли, низшие микроскопические грибы и реже лишайники.

Водный мир Алтая также густо населен. Для заядлого рыбака Алтай — идеальное место, какой только рыбы здесь нет! В реках, лежащих в пределах предгорий, встречаются щука, язь, налим, стерлядь, окунь, елец, чебак, ерш, пескарь. В озерах и старицах, лежащих в долинах рек, обычны карась и линь. Выше в горах, где реки достаточно глубоки, но уже носят типичный горный характер, видовой состав рыб значительно беднее. Здесь обычны: таймень, ленок (ускуч), хариус, кое-где — налим. Из непромысловых рыб встречаются голец, пестроногий и сибирский подкаменщики, гольян, шиповка. В верховьях нешироких и мелких горных рек встречается исключительно хариус. На юге Алтая, в реках Акалахе, Чуе и в многочисленных озерах, лежащих вдоль границы с Монголией и Китаем, обитает единственная в своем роде рыба — алтайский осман. Особого внимания заслуживают рыбы Телецкого озера. Их здесь обитает 13 видов, среди которых уникальные телецкий сиг и сиг Правдина.