Рядом с юго-восточной стеной Кремля.

Внешне это облезлое здание из красного кирпича, с пристроенной с торца башней с аркадным первым ярусом. Храм в нём угадывается только отдалённо.

Церковь построена на месте, где крестили жителей Ростова («общем крещатике»). Сначала здесь стояла построенная вскоре после крещения Ростова церковь Кирика и Иулиты, затем, когда она обветшала, построили нынешний храм. Изначально он стоял на берегу реки Пижермы, сейчас на месте её русла осталась лишь канава.

Есть легенда, будто этот храм сам ушёл под землю незадолго до прихода монголо-татар. Первые археологические раскопки рядом с церквовью, используемой в те годы как склад, велись в 50-е годы XX века, но тогда найти какое-либо подтверждение этой информации не удалось. Спустя много лет экспедиция из Эрмитажа разобрала бетонный пол здания и устроила раскоп по всему периметру. После нескольких недель работы археологи наткнулись на древнюю кладку – стены храма XIII века. Карьер приходилось укреплять бетоном, так как его затапливало водой из озера. Стены удалось освободить на полтора метра. Если раскапывать храм до конца, верхняя церковь не устояла бы. По тому, что удалось откопать, учёные сделали вывод, что церковь под землёй практически не разрушилась. Но этот храм был построен в 1288 году – в самый разгар ига.

Есть две версии, как он оказался под землёй. Первая – болотистая почва на берегах озера постепенно просела под его тяжестью. Вторая – в конце XV века ростовские князья продали город Москве, и москвичи просто засыпали церковь при строительстве земляного вала вокруг Кремля, а сверху по традиции построили новую.

Внутрь церкви Бориса и Глеба попасть нельзя. Есть проект устроить в стенах подземного храма музей, в который можно было бы спуститься из верхней церкви, но денег на него пока не нашли.

С противоположной стороны канавы видна церковь Николы на Подозёрье, за нею – Рождественский монастырь.