Станция была открыта в 1875 году в ходе строительства Владикавказской железной дороги. Первоначально носила название Султановская.
В 1883 году была построена ветвь на Кисловодск. В 1936 году она была электрифицирована напряжением 1,5 кВ постоянного тока. В 1964 году напряжение было повышено до 3 кВ.
В 1963 году на станцию пришла электрификация переменным током. Был электрифицирован участок до станции Невинномысская. Станция Минеральные Воды стала станцией стыкования.
В 1975 году электрификация от Минеральных Вод (переменного тока) была продолжена до станции Прохладная.
23 мая 2006 года ветвь Минеральные Воды — Кисловодск была переведена на переменный ток, станция Минеральные Воды утратила статус станции стыкования.
Станция Минеральные Воды является главным связующим звеном между субъектами Россиийской Федерации с республиками Северного Кавказа и курортами Ставропольского края.

Поздней ночью мы выписались из вагона. Проводники прослезились и долго махали нам платочками. Добрый мент подошел проверить документы. За ночь это повторялось семь раз.
Паспорт имел только я. остальные свидетельства о рождении на не легитимном языке.
В темноте подошли трое. они просят монет, но я им сразу говорю, что и по чем. Моим ребятам говорю, чтоб нигде и ни с кем не разговаривали, но они закладывают товарища, трясущего у нас деньги первым же ментам. В результате, торчим остаток ночи в обезьяннике, а на выходе нас встречает раздраженный трясущий, которого тоже замели. С трудом выравниваем ситуацию и даже знакомимся с трясуном. Тот не советует ехать в Грозный, где моих ребят еще не раз заметут и побьют за их дикость. Возвращаемся в Армавир.