Макарьевский монастырь был основан в 1435 году иноком Печерского Нижегородского монастыря Макарием рядом с озером с желтой водой. Желтое озеро — старица Волги — существовало еще в начале XIX века, но вскоре было поглощено волжскими водами.
Преподобный Макарий построил здесь, на пойменном лугу, кельи и деревянную церковь во имя Св. Троицы. Было ему тогда 85 лет и он пользовался уважением многих великих людей Руси.
В1439 году монастырь был до основания разорен татарами Улу-Махмета, а преподобный Макарий пленен. Татары отпустили его, взяв с него обещание не возрождать православной обители. Макарий ушел из этих мест на реку Унжу и основал там новую обитель (Ныне Макарьев Костромской области). А Желтоводский монастырь с той поры пришел в запустение.

Обитель была восстановлена только спустя 190 лет. Как полагают, возродил ее монах Тетюшского монастыря Авраамий, уроженец Мурома, в 1620 году. В 1624 году была срублена деревянная Троицкая церковь, через два года построена Успенская церковь. А в середине 17-го столетия за очень короткий срок, с 1651 по 1667 год, здесь был создан на редкость целостный и живописный монастырский ансамбль.
В 1627 году Авраамий сумел получить от Михаила Федоровича Уставную грамоту на право сбора у Макарья таможенных пошлин, а в 1628 году от патриарха Филарета Никитича несудную грамоту, которая обеспечивала монастырю покровительство Романовых и защиту от поборов местных властей.